La vida no es fácil cuando eres el novato en la escuela. Y sino, que le pregunten a Minato Arisato, la adquisición más reciente del instituto Gekkoukan. Dejando a un lado el día a día, Minato también tiene que lidiar con el hecho de que el instituto se transforma todas las noches durante la Hora Oscura. Minato y sus nuevos amigos, Yukari y Junpei, están dispuestos a descubrir todo lo posible sobre este fenómeno. Pero, ¿lograrán estos tres estudiantes de secundaria sobrevivir a los horrores de la torre Tartarus?