Shiro ha perdido a Saber en combate en el templo Ryudo. Para poder dar caza a la oscura sombra, Shiro propone a Rin volver a luchar codo con codo. Pero Shiro ya no es Master, y como hacer equipo con él no supone ninguna ventaja para Rin, esta le pone una condición a cambio de su colaboración. La última y definitiva ruta, la de Sakura, comienza por fin! Se abre aquí el telón de la verdadera Guerra del Santo Grial!